Film Assalamualaikum Calon Imam bercerita tentang Fisya yang di hantui rasa trauma masa kecil karena ditinggal ayahnya menjadi sulit percaya pada laki-laki. Namun sejak kecil, ia menyimpan rasa untuk JIDAN (Andi Arsyil ), tetangga lamanya. Ia selalu berharap dilamar Jidan. Tapi Jidan malah melamar SALSYA (Merdi Octav), kakak Fisya, yang seorang dokter. Fisya patah hati tapi tak mau bilang apa-apa. Fisya tahu ia tak mungkin menyakiti kakaknya.

Tak sengaja Fisya bertemu ALIF (Miller Khan) dalam sebuah kecelakaan. Fisya berusaha menyelamatkan seorang gadis kecil yang menjadi korban, tapi Alif yang ternyata seorang dokter berusaha mengambil alih niat baik Fisya. Tanpa Fisya sadari ponselnya terbawa Alif. Mau tak mau pertemuan mereka tak bisa dihindari. Apalagi ketika ia tahu kalau Alif mendadak menjadi salah satu dosen pengganti di kampusnya.

Imej Alif sebagai dokter berkarakter dingin dan tegas selalu membayangi Fisya dan itu membuatnya kesal. Tak jarang, Alif sering membuat Fisya malu di hadapan teman-temannya. Perjumpaan berkali-kali secara tak sengaja ternyata membuat Alif jatuh cinta kepada Fisya. Namun, ia simpan dalam-dalam perasaannya karena ia tahu Fisya masih mencintai Jidan.

Sampai suatu saat dalam kondisi ayah Fisya sakit keras, ayahnya berkata pada Fisya bahwa Alif telah datang untuk melamar Fisya. Fisya dilema. Apakah ia harus menerima Alif demi kebahagiaan ayahnya atau tetap memelihara perasaaan cintanya kepada Jidan yang selama ini ia cintai?